Bioinformatics and Functional Genomics

Author: Jonathan Pevsner

Publisher: John Wiley & Sons

ISBN: 0471459178

Category: Science

Page: 792

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Wiley is proud to announce the publication of the first ever broad-based textbook introduction to Bioinformatics and Functional Genomics by a trained biologist, experienced researcher, and award-winning instructor. In this new text, author Jonathan Pevsner, winner of the 2001 Johns Hopkins University "Teacher of the Year" award, explains problem-solving using bioinformatic approaches using real examples such as breast cancer, HIV-1, and retinal-binding protein throughout. His book includes 375 figures and over 170 tables. Each chapter includes: Problems, discussion of Pitfalls, Boxes explaining key techniques and math/stats principles, Summary, Recommended Reading list, and URLs for freely available software. The text is suitable for professionals and students at every level, including those with little to no background in computer science.

Angewandte Bioinformatik

Eine Einführung

Author: Paul M. Selzer,Richard J. Marhöfer,Oliver Koch

Publisher: Springer-Verlag

ISBN: 3662541351

Category: Science

Page: 184

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Für Studierende und Wissenschaftler der Lebenswissenschaften schafft dieses Buch einen schnellen, strukturierten Zugang zur Angewandten Bioinformatik ohne Programmierkenntnisse oder tiefgehende Informatikkenntnisse vorauszusetzen. Es bietet eine Einführung in die tägliche Anwendung der vielfältigen bioinformatischen Werkzeuge und gibt einen ersten Überblick über das sehr komplexe Fachgebiet. Die Kontrolle des vermittelten Stoffs wird durch Übungsbeispiele mit Lösungen gewährleistet. Ein Glossar der zugrundeliegenden Fachtermini sowie ein ausführliches Sachverzeichnis runden das Buch ab. Für die 2. Auflage wurde das Werk umfassend aktualisiert.

Concise Encyclopaedia of Bioinformatics and Computational Biology

Author: John M. Hancock,Marketa J. Zvelebil

Publisher: John Wiley & Sons

ISBN: 1118598156

Category: Science

Page: 824

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Concise Encyclopaedia of Bioinformatics and Computational Biology, 2nd Edition is a fully revised and updated version of this acclaimed resource. The book provides definitions and often explanations of over 1000 words, phrases and concepts relating to this fast-moving and exciting field, offering a convenient, one-stop summary of the core knowledge in the area. This second edition is an invaluable resource for students, researchers and academics.

Functional Genomics and Evolution of Photosynthetic Systems

Author: Robert Burnap,Wim Vermaas

Publisher: Springer Science & Business Media

ISBN: 9789400715332

Category: Science

Page: 392

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New possibilities have been brought about by the stunning number of genomic sequences becoming available for photosynthetic organisms. This new world of whole genome sequence data spans the phyla from photosynthetic microbes to algae to higher plants. These whole genome projects are intrinsically interesting, but also inform the variety of other molecular sequence databases including the recent 'meta-genomic' sequencing efforts that analyze entire communities of organisms. As impressive as they are, are obviously only the beginning of the effort to decipher the biological meaning encoded within them. This book aims to highlight progress in this direction. This book aims toward a genome-level understanding of the structure, function, and evolution of photosynthetic systems and the advantages accrued from the availability of phyletically diverse sets of gene sequences for the major components of the photosynthetic apparatus. While not meant to be fully comprehensive in terms of the topics covered, it does provide detailed views of specific cases and thereby illustrates important new directions that are being taken in this fast-moving field—a field that involves the integration of bioinformatics, molecular biology, physiology, and ecology.

Biotechnology and Bioinformatics

Advances and Applications for Bioenergy, Bioremediation and Biopharmaceutical Research

Author: Devarajan Thangadurai,Jeyabalan Sangeetha

Publisher: CRC Press

ISBN: 1771880015

Category: Mathematics

Page: 524

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Reflecting the interdisciplinary nature of biotechnology, this book covers the role of targeted delivery of polymeric nanodrugs to cancer cells, microbial detoxifying enzymes in bioremediation and bacterial plasmids in antimicrobial resistance. It addresses modern trends such as pharmacogenomics, evaluation of gene expression, recombinant proteins from methylotrophic yeast, identification of novel fermentation inhibitors of bioethanol production, and polyhydroxyalkanoate based biomaterials. The book highlights the practical utility of biotechnology and bioinformatics for bioenergy, production of high value biochemicals, modeling molecular interactions, drug discovery, and personalized medicine.

Bioinformatik

Ein Leitfaden für Naturwissenschaftler

Author: Andrea Hansen

Publisher: Springer-Verlag

ISBN: 3034878559

Category: Science

Page: 156

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Wie berechnet man multiple Alignments? Wie nutzt man eine Datenbank, um die mühsam im Labor ermittelten Sequenzen effektiv zu analysieren? Und welche Datenbank ist überhaupt am besten geeignet? Locker und leicht verständlich geschrieben führt dieser Leitfaden in die Geheimnisse der Bioinformatik ein, ohne dass man als Naturwissenschaftler gleich Informatik im Nebenfach belegt haben muss. Schwerpunkt des Buches sind die Grundlagen und verschiedenen Möglichkeiten der Sequenzanalyse. Das Buch beginnt mit einer Einführung in die wichtigen Sequenzdatendatenbanken am NCBI und EMBL sowie in die wachsende Zahl der Motivdatenbanken. Anschließend werden die einfachsten Methoden des paarweisen Sequenzvergleiches in globalen und lokalen Alignments beschrieben sowie die gängigsten heuristischen Verfahren der Datenbanksuche (FASTA und BLAST). Multiple Alignments, Substitutionsmatrizen und die Berechnung phylogenetischer Bäume werden dem Leser nahe gebracht. Neu hinzugekommen sind auch Erläuterungen der Prinzipien der Genomanalyse und der gängigsten Algorithmen zur Genvorhersage. Zu jeder Methode werden Online-Tools im Internet oder freie Software angegeben. Der Leser wird so in die Lage versetzt, die beschriebenen Methoden selbstständig nachzuvollziehen. Die Autorin selbst ist Molekularbiologin und in der Bioinformatik-Branche tätig. Als ehemalige Betreuerin eines Bioinformatik-Kurses weiss sie aus eigener Erfahrung, auf welche Informationen es ankommt, um schnell und zielorientiert zu den gewünschten Ergebnissen zu gelangen. Das Buch richtet sich in erster Linie an Anwender und Einsteiger in die Bioinformatik. Angesprochen sind vor allem Studenten und Forscher aus allen Gebieten der Naturwissenschaften, die sich in Studium oder Beruf mit der Sequenzanalyse auseinandersetzen müssen. Gleichzeitig ist dieses Buch auch ein Leitfaden für all diejenigen, die die aufgeführten Methoden zwar regelmässig benutzen, aber noch nie die Zeit gefunden haben, sich mit den Grundlagen auseinanderzusetzen.

Gentechnologie für Einsteiger

Author: Terence A. Brown

Publisher: Springer

ISBN: 9783827413024

Category:

Page: 409

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T. A. Browns "Gentechnologie fA1/4r Einsteiger" hat sich in mehreren Auflagen international als StandardeinfA1/4hrung in die Genklonierung und DNA-Analyse etabliert. Das Grundlagenlehrbuch setzt nur wenig Kenntnisse in Molekularbiologie und Genetik voraus und erlAutert in klarer Sprache sowohl die fundamentalen Prinzipien der wichtigsten gentechnologischen Methoden als auch die immer breiter werdende Palette ihrer Anwendungen. Die groAe Bedeutung der Gentechnologie fA1/4r die Grundlagenforschung und fA1/4r neue Entwicklungen in Biotechnologie und Medizin wird klar herausgearbeitet. Aoeber 250 zweifarbige Illustrationen erleichtern das VerstAndnis des Stoffes und machen die Konzepte und Arbeitstechniken der Gentechnologen anschaulich. Die neue Auflage ist vollstAndig A1/4berarbeitet und enthAlt zwei neue Kapitel. Eines prAsentiert die Methoden, mit denen man ganze Genome sequenziert, und beschreibt, was man aus den gewonnenen Sequenzinformationen ablesen kann. Das zweite widmet sich den Anwendungen der Gentechnologie in der Gerichtsmedizin - ein spannendes und aufschlussreiches Beispiel des Einsatzpotenzials der DNA-Analyse. Der groAen Bedeutung der Polymerasekettenreaktion (PCR) entsprechend wird diese Technik jetzt in einem frA1/4hen Abschnitt des Buches behandelt und durchgehend stArker berA1/4cksichtigt.

Java in a nutshell

deutsche Ausgabe für Java 1.4

Author: David Flanagan

Publisher: O'Reilly Germany

ISBN: 9783897213326

Category: Java (Computer program language)

Page: 1084

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Bioinformatics

Tools and Applications

Author: David Edwards,Jason Stajich,David Hansen

Publisher: Springer Science & Business Media

ISBN: 9780387927381

Category: Science

Page: 451

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Bioinformatics is a relatively new field of research. It evolved from the requirement to process, characterize, and apply the information being produced by DNA sequencing technology. The production of DNA sequence data continues to grow exponentially. At the same time, improved bioinformatics such as faster DNA sequence search methods have been combined with increasingly powerful computer systems to process this information. Methods are being developed for the ever more detailed quantification of gene expression, providing an insight into the function of the newly discovered genes, while molecular genetic tools provide a link between these genes and heritable traits. Genetic tests are now available to determine the likelihood of suffering specific ailments and can predict how plant cultivars may respond to the environment. The steps in the translation of the genetic blueprint to the observed phenotype is being increasingly understood through proteome, metabolome and phenome analysis, all underpinned by advances in bioinformatics. Bioinformatics is becoming increasingly central to the study of biology, and a day at a computer can often save a year or more in the laboratory. The volume is intended for graduate-level biology students as well as researchers who wish to gain a better understanding of applied bioinformatics and who wish to use bioinformatics technologies to assist in their research. The volume would also be of value to bioinformatics developers, particularly those from a computing background, who would like to understand the application of computational tools for biological research. Each chapter would include a comprehensive introduction giving an overview of the fundamentals, aimed at introducing graduate students and researchers from diverse backgrounds to the field and bring them up-to-date on the current state of knowledge. To accommodate the broad range of topics in applied bioinformatics, chapters have been grouped into themes: gene and genome analysis, molecular genetic analysis, gene expression analysis, protein and proteome analysis, metabolome analysis, phenome data analysis, literature mining and bioinformatics tool development. Each chapter and theme provides an introduction to the biology behind the data describes the requirements for data processing and details some of the methods applied to the data to enhance biological understanding.

Human Genetics and Genomics

Author: Bruce R. Korf,Mira B. Irons

Publisher: John Wiley & Sons

ISBN: 1118537661

Category: Medical

Page: 280

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This fourth edition of the best-selling textbook, HumanGenetics and Genomics, clearly explains the key principlesneeded by medical and health sciences students, from the basis ofmolecular genetics, to clinical applications used in the treatmentof both rare and common conditions. A newly expanded Part 1, Basic Principles of Human Genetics,focuses on introducing the reader to key concepts such as Mendelianprinciples, DNA replication and gene expression. Part 2,Genetics and Genomics in Medical Practice, uses case scenarios tohelp you engage with current genetic practice. Now featuring full-color diagrams, Human Genetics andGenomics has been rigorously updated to reflect today’sgenetics teaching, and includes updated discussion of genetic riskassessment, “single gene” disorders andtherapeutics. Key learning features include: Clinical snapshots to help relate science to practice ‘Hot topics’ boxes that focus on the latestdevelopments in testing, assessment and treatment ‘Ethical issues’ boxes to prompt further thoughtand discussion on the implications of genetic developments ‘Sources of information’ boxes to assist with thepracticalities of clinical research and information provision Self-assessment review questions in each chapter Accompanied by the Wiley E-Text digital edition (includedin the price of the book), Human Genetics and Genomics isalso fully supported by a suite of online resources at ahref="http://www.korfgenetics.com/"www.korfgenetics.com/a,including: Factsheets on 100 genetic disorders, ideal for study and exampreparation Interactive Multiple Choice Questions (MCQs) with feedback onall answers Links to online resources for further study Figures from the book available as PowerPoint slides, ideal forteaching purposes The perfect companion to the genetics component of bothproblem-based learning and integrated medical courses, HumanGenetics and Genomics presents the ideal balance between thebio-molecular basis of genetics and clinical cases, and provides aninvaluable overview for anyone wishing to engage with thisfast-moving discipline.

Bildverarbeitung für die Medizin 2006

Algorithmen - Systeme - Anwendungen Proceedings des Workshops vom 19. - 21. März 2006 in Hamburg

Author: Heinz Handels,Jan Ehrhardt,Alexander Horsch,Hans-Peter Meinzer,Thomas Tolxdoff

Publisher: Springer Science & Business Media

ISBN: 3540321365

Category: Medical

Page: 468

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In den letzten Jahren hat sich der Workshop "Bildverarbeitung für die Medizin" durch erfolgreiche Veranstaltungen etabliert. Ziel ist auch 2006 wieder die Darstellung aktueller Forschungsergebnisse und die Vertiefung der Gespräche zwischen Wissenschaftlern, Industrie und Anwendern. Die Beiträge dieses Bandes - einige in englischer Sprache - behandeln alle Bereiche der medizinischen Bildverarbeitung sowie deren klinische Anwendungen.

Bioinformatik

Grundlagen, Algorithmen, Anwendungen

Author: Rainer Merkl

Publisher: John Wiley & Sons

ISBN: 352768588X

Category: Medical

Page: 634

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Jetzt in dritter Auflage komplett überarbeitet und im Bereich des maschinellen Lernens stark erweitert. Ein perfekte Einführung für alle Studenten der Lebenswissenschaften oder Informatik, die einen Einblick in die gängigen Methoden der Bioinformatik benötigen.

The Proteomics Protocols Handbook

Author: John M. Walker

Publisher: Springer Science & Business Media

ISBN: 1592598900

Category: Science

Page: 988

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Hands-on researchers describe in step-by-step detail 73 proven laboratory methods and bioinformatics tools essential for analysis of the proteome. These cutting-edge techniques address such important tasks as sample preparation, 2D-PAGE, gel staining, mass spectrometry, and post-translational modification. There are also readily reproducible methods for protein expression profiling, identifying protein-protein interactions, and protein chip technology, as well as a range of newly developed methodologies for determining the structure and function of a protein. The bioinformatics tools include those for analyzing 2D-GEL patterns, protein modeling, and protein identification. All laboratory-based protocols follow the successful Methods in Molecular BiologyTM series format, each offering step-by-step laboratory instructions, an introduction outlining the principle behind the technique, lists of the necessary equipment and reagents, and tips on troubleshooting and avoiding known pitfalls.

High-Performance Computational Solutions in Protein Bioinformatics

Author: Dariusz Mrozek

Publisher: Springer

ISBN: 3319069713

Category: Computers

Page: 109

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Recent developments in computer science enable algorithms previously perceived as too time-consuming to now be efficiently used for applications in bioinformatics and life sciences. This work focuses on proteins and their structures, protein structure similarity searching at main representation levels and various techniques that can be used to accelerate similarity searches. Divided into four parts, the first part provides a formal model of 3D protein structures for functional genomics, comparative bioinformatics and molecular modeling. The second part focuses on the use of multithreading for efficient approximate searching on protein secondary structures. The third and fourth parts concentrate on finding 3D protein structure similarities with the support of GPUs and cloud computing. Parts three and four both describe the acceleration of different methods. The text will be of interest to researchers and software developers working in the field of structural bioinformatics and biomedical databases.

Functional Genomics and Proteomics in the Clinical Neurosciences

Author: Scott E. Hemby,Sabine Bahn

Publisher: Elsevier

ISBN: 9780080465630

Category: Science

Page: 402

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The purpose of this work is to familiarize neuroscientists with the available tools for proteome research and their relative abilities and limitations. To know the identities of the thousands of different proteins in a cell, and the modifications to these proteins, along with how the amounts of both of these change in different conditions would revolutionize biology and medicine. While important strides are being made towards achieving the goal of global mRNA analysis, mRNA is not the functional endpoint of gene expression and mRNA expression may not directly equate with protein expression. There are many potential applications for proteomics in neuroscience: determination of the neuro-proteome, comparative protein expression profiling, post-translational protein modification profiling and mapping protein-protein interactions, to name but a few. Functional Genomics and Proteomics in Clinical Neuroscience will comment on all of these applications, but with an emphasis on protein expression profiling. This book combines the basic methodology of genomics and proteomics with the current applications of such technologies in understanding psychiatric illnesses. * Introduction of basic methodologies in genomics and proteomics and their integration in psychiatry * Development of the text in sections related to methods, application and future directions of these rapidly advancing technologies * Use of actual data to illustrate many principles of functional genomics and proteomics. * Introduction to bioinformatics and database management techniques

Algorithmen - Eine Einführung

Author: Thomas H. Cormen,Charles E. Leiserson,Ronald Rivest,Clifford Stein

Publisher: Walter de Gruyter GmbH & Co KG

ISBN: 3110522012

Category: Computers

Page: 1339

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Der "Cormen" bietet eine umfassende und vielseitige Einführung in das moderne Studium von Algorithmen. Es stellt viele Algorithmen Schritt für Schritt vor, behandelt sie detailliert und macht deren Entwurf und deren Analyse allen Leserschichten zugänglich. Sorgfältige Erklärungen zur notwendigen Mathematik helfen, die Analyse der Algorithmen zu verstehen. Den Autoren ist es dabei geglückt, Erklärungen elementar zu halten, ohne auf Tiefe oder mathematische Exaktheit zu verzichten. Jedes der weitgehend eigenständig gestalteten Kapitel stellt einen Algorithmus, eine Entwurfstechnik, ein Anwendungsgebiet oder ein verwandtes Thema vor. Algorithmen werden beschrieben und in Pseudocode entworfen, der für jeden lesbar sein sollte, der schon selbst ein wenig programmiert hat. Zahlreiche Abbildungen verdeutlichen, wie die Algorithmen arbeiten. Ebenfalls angesprochen werden Belange der Implementierung und andere technische Fragen, wobei, da Effizienz als Entwurfskriterium betont wird, die Ausführungen eine sorgfältige Analyse der Laufzeiten der Programme mit ein schließen. Über 1000 Übungen und Problemstellungen und ein umfangreiches Quellen- und Literaturverzeichnis komplettieren das Lehrbuch, dass durch das ganze Studium, aber auch noch danach als mathematisches Nachschlagewerk oder als technisches Handbuch nützlich ist. Für die dritte Auflage wurde das gesamte Buch aktualisiert. Die Änderungen sind vielfältig und umfassen insbesondere neue Kapitel, überarbeiteten Pseudocode, didaktische Verbesserungen und einen lebhafteren Schreibstil. So wurden etwa - neue Kapitel zu van-Emde-Boas-Bäume und mehrfädigen (engl.: multithreaded) Algorithmen aufgenommen, - das Kapitel zu Rekursionsgleichungen überarbeitet, sodass es nunmehr die Teile-und-Beherrsche-Methode besser abdeckt, - die Betrachtungen zu dynamischer Programmierung und Greedy-Algorithmen überarbeitet; Memoisation und der Begriff des Teilproblem-Graphen als eine Möglichkeit, die Laufzeit eines auf dynamischer Programmierung beruhender Algorithmus zu verstehen, werden eingeführt. - 100 neue Übungsaufgaben und 28 neue Problemstellungen ergänzt. Umfangreiches Dozentenmaterial (auf englisch) ist über die Website des US-Verlags verfügbar.

Pflanzenbiochemie

Author: Hans-Walter Heldt

Publisher: N.A

ISBN: 9783827404923

Category: Botanical chemistry

Page: 597

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Nunmehr liegt die 2., grA1/4ndlich A1/4berarbeitete und aktualisierte Auflage des gut eingefA1/4hrten Lehrbuches von Hans-Walter Heldt, einem der renommiertesten deutschen Pflanzenbiochemiker, vor. Der Autor spannt den Bogen von der Photosynthese A1/4ber PrimAr- und SekundArstoffwechsel sowie Phytohormone bis hin zu aktuellen Themen wie Molekulargenetik und Gentechnik. Die Pflanzenbiochemie ist auch auf vielen Feldern der angewandten Forschung von groAer Bedeutung, etwa in der Pflanzenzucht und Biotechnologie sowie der Wirkstoff-Forschung an Pflanzen. Neueste wissenschaftliche Erkenntnisse fanden Eingang in dieses Buch, und an vielen Stellen zeigt der Autor die Grenzen unseres derzeitigen Wissens auf. Kompetenz und AktualitAt, klare Darstellung und gute VerstAndlichkeit - das sind die Kennzeichen dieses Lehrbuches. Mit sorgfAltig erstellten zweifarbigen Abbildungen erfA1/4llt es einen hohen didaktischen Anspruch und reiht sich unter die besten Biochemie-LehrbA1/4cher. ((Foto wie auf 1. Auflage, liegt sicherlich in Produktion als Film)) Prof. Dr. Hans-Walter Heldt, Jahrgang 1934, leitet die Abteilung fA1/4r Biochemie der Pflanze am Albrecht-von-Haller-Institut fA1/4r Pflanzenwissenschaften der UniversitAt GAttingen. Seine Forschungsinteressen gelten dem Photosynthese-Stoffwechsel hAherer Pflanzen und dem Metabolitentransport. FA1/4r seine Arbeiten wurde er 1993 mit dem Max-Planck-Forschungspreis ausgezeichnet. Dozentenstimmen zur 1. Auflage: ”Das Buch hat den Mut, komplexe Sachverhalte einfach darzustellen und notfalls auf die letzten Feinheiten und Varianten zu verzichten. Trotzdem bleibt die Darstellung korrekt, und sie ist auf dem aktuellen Stand. Das ist genau das, was die Studenten brauchen.>Pflanzenbiochemie aus einem GuA; in der Tiefe und in der Breite mit groAem VerstAndnis fA1/4r Regulation und Funktionen in der ganzen Pflanze. Auf so etwas haben wir lange gewartet.